Ayvalık bir Rum yerleşimi olarak kuruldu. 1770’li yıllarda, Sultan I. Abdülhamit zamanında, padişah fermanıyla kuruldu. Belli ayrıcalıklar tanındı, muhtemelen Osmanlı Devletinin yeni Rum politikasının bir tür deneme alanı olarak tasarlandı. 1770’te Çeşme’de Rusların Osmanlı donanmasını imha etmesi adalarda büyük bir kaynaşmaya yol açmış, Yunanistan’da Rusların teşvikiyle Mora İsyanı çıkmıştı. Bu noktada Rum ileri gelenliğinin bir kısmı sarayı ikna ederek yeni bir politikanın benimsenmesini sağladılar. Ayvalık’ta Rumlara has yeni bir kasaba kuruldu, özel bir yönetim biçimi oluşturuldu. Kasabaya Türklerin yerleşmesi yasaklandı. En önemlisi Rumlar burada Yunan modernleşmesinin bir tür laboratuvarı olacak bir akademi kurdular. Osmanlı devrindeki ilk Rum yüksek öğretim kurumudur Ayvalık Akademisi. Modern Batı kaynaklarının, Aydınlanma çağı fikirlerinin bu coğrafyaya girdiği ilk kapı oldu. O dönemin Fransız ve İngiliz edebiyatından eserler, eski filozoflar, Avrupa düşünürleri Rumcaya tercüme edildi, akademide ders kitabı olarak okutuldu. Modern Yunancanın dil devrimi orada başladı, arındırılmış yeni yazı dilinin ilk adımları Ayvalık’ta atıldı.

1821’deki Yunan isyanından sonra Ayvalık’ın özel statüsü kaldırıldı. Şehir şiddetli baskılara uğradı, fakat bir Rum kasabası olarak kaldı. 1923’e kadar da öyleydi. Sürdürülebilseydi güzel bir deneydi. Ama sürdürülemedi çünkü kavga çıktı, Türkle Rum’un ortak yaşam alanı kalmadı

Kasabanın adı enteresandır. Yunanca kaynaklarda Kidonies diye geçer. Fakat bu isim Türkçeden tercümedir, “ayvalı” demektir. Türkçe Ayvalık, Rumca Kidonies’ten daha eski olan isim. Velakin Ayvalık adının kendisi de kaynağı o kadar net değil. Deştikçe böyle içinden başka şeyler çıkar. O bölge, yani Edremit Körfezi ve havalisi Eolia bölgesidir. O bölgenin kilise yönetiminin adı ta eski devirden beri, daha Ayvalık yokken de, Eoliko Piskoposluğuydu. Eolik kelimesini Türk aksanıyla birkaç kez söyleyin bakın ne oluyor. Ayvalık kelimesi Eoliko adından mı gelir, çok ayva ağacı olduğundan mıdır, şahsen benim bilgim yok.